نظر دیگری که میان مستشرقین و حتی برخی از متفکران مسلمان در ارتباط با خاستگاه عرفان اسلامی رواج دارد، تاثیرگذاری فلسفه‌ی نوافلاطونی بر عارفان مسلمان است.
شکل‌گیری این فلسفه در تاریخ به مصر باستان برمی‌گردد. اسکندر مقدونی بعد از فتوحاتش دستور داد شهر بزرگی در ساحل دریای مدیترانه واقع در مصر فعلی بسازند و آن را به نام خودش «الکساندریا» یا به عربی «اسکندریه» نامید. این شهر در یک دوره‌ی طولانی پایتخت امپراتوری یونان بود. با رونق گرفتن اسکندریه، حوزه‌ی علمی آتن هم به این شهر منتقل شد و بعد از فیلسوفان بزرگی که در یونان قدیم ظهور کرده بودند، اسکندریه به مرکز علمی دنیای آن روز مبدل گردید. این اتفاقات در حدود قرن چهارم قبل از میلاد رخ داد. گفته شده که اسکندریه در آن دوران قریب به یک میلیون نفر جمعیت داشت و مرکز برخورد تفکرات گوناگون علمی از سراسر جهان بود.
فلوطین یا افلوطین یا پلوتینوس در واقع آخرین فیلسوف متأثر از تمدن یونان بود که در اوایل قرن سوم میلادی متولد شد و تاثیر زیادی بر حوزه اسکندرانی گذاشت. فلسفه‌ی او به نام فلسفه‌ی نوافلاطونی شناخته می‌شود. او کتاب معروفی به نام تئولوگیا یا الهیات داشت که در عصر ترجمه به زبان عربی ترجمه شد و اُثولوجیا نام گرفت. بنابراین می‌توان گفت که منابع فلسفه‌ی نوافلاطونی از اوایل قرن سوم هجری قمری در دست مسلمان ها بوده است. بسیاری از مستشرقین در این زمینه به سخنان ذوالنون مصری (درگذشته‌ی ۲۵۴ هجری قمری) اشاره می‌کنند و آنها را متأثر از آراء فلسفی افلاطون می‌دانند. این آموزه‌ها شامل وحدت شخصیه‌ی وجود، فنا، شهود، تزکیه‌ی نفس و خلع بدن هستند.
این ادعای مستشرقین هم مانند موارد قبل پذیرفتنی نیست، زیرا اطلاع ذوالنون مصری از آراء فلاسفه‌ی نوافلاطونی، دلیلی بر تأثیرپذیری او از این آراء و سپس تعمیم این تأثر به سراسر عرفان اسلامی نمی‌تواند باشد. همچنین بحث‌های مذکور، پیش از ذوالنون مصری هم در میان عارفان مسلمان مطرح بوده است.
علاوه بر این دیدگاه، نظریات دیگری نیز در باب خاستگاه عرفان اسلامی وجود دارد، مانند اینکه آن را با تفکر ایرانی و زرتشتی مرتبط دانسته‌اند. البته قائلین این نظریه زیاد نیستند و ادله‌ی آنها نیز متقن نیست.
تا اینجا دیدیم که مستشرقین به صورت عام و برخی از متفکرین داخل جهان اسلام به طور خاص سعی کرده‌اند تأثیر ادیانی مانند مسیحیت یا عرفان‌های پیشین (نظیر عرفان مسیحی یا بودایی) یا فلسفه‌ی نوافلاطونی را در عرفان اسلامی پررنگ جلوه دهند. شواهدی که هر یک از این گروه‌ها برای نظریه‌ی خود ارائه داده‌اند، وافی به مقصود آنها نبوده‌اند. در اینجا می‌خواهیم یک بحث اجمالی اما کلیدی ارائه دهیم که شاید به طور کلی زاویه‌ی دید ما را نسبت به این نظریات تغییر دهد.
اگر زاویه‌ی دید خود را عوض کرده و با نگاهی کلی و سیستمی به تاریخ عرفان نظر کنیم، خواهیم دید که ریشه‌های تفکر باطنی و شهودگرایی و معنویت‌های خاص تقریباً در همه‌ی جوامع بشری یافت می‌شود، اما این موضوع به این معنا نیست که عرفان اسلامی الزاماً نشأت گرفته از یکی از این ریشه‌هاست. با نگاهی عمیق‌تر می‌توان دریافت که بشر از ابتدا با دستگیری پیامبران الهی (صلوات الله علیهم اجمعین) به باطن هستی راه یافته و حقایق توحیدی را به قوت شهود قلبی به دست آورده است. همچنین بعضی از آن حقایق را در آثاری مکتوب کرده که به دست ما رسیده‌اند.
از آنجاکه جهان حقیقت از زمان و مکان مبراست، حقایق شهودی‌ای که توسط عارفی در ده‌ها قرن قبل به دست آمده علی الاصول نباید با حقایقی که همین حالا توسط عارف دیگری به دست می‌آیند تفاوت مبنایی داشته باشند. تقریباً همه‌ی شواهدی که از هند قدیم، یونان قدیم، مسیحیت، فلسفه‌ی نوافلاطونی و حتی ایران قدیم ارائه می‌شوند در این چهارچوب قرار می‌گیرند، بدون اینکه تضادی با یکدیگر داشته باشند یا اثبات کننده‌ی خاستگاه برون‌دینی عرفان اسلامی باشند.
برای نمونه می‌توان به همین نظریه‌ای که عرفان اسلامی را متأثر از فلسفه‌ی نوافلاطونی می‌داند استناد کنیم. گفتیم که فلوطین تئولوگیا را نوشت و در اوایل قرن سوم قمری توسط ابن ناعمه و به درخواست کندی به عربی ترجمه شد و اثولوجیا نام گرفت. اثولوجیا یک کتاب درسی در حوزه‌های علمیه شیعه بوده و هست. چه چیزی باعث می‌شود کتابی که در قرن سوم میلادی نوشته شده، اکنون و در قرن بیست و یکم در حوزه‌های علمیه شیعه تدریس شود؟ کتابی که چهار قرن قبل از ظهور اسلام نوشته شده و در زمان نوشته شدنش هنوز مسیحیت از آب و گل در نیامده بود.
شاید بهترین روش این باشد که یکی دو عبارت از کتاب را با هم ببینیم:
در صفحه‌ی ۱۰۹ این کتاب آمده: «آن کس که بتواند خلع بدن کند و حواس و وسواس و جنبش‌های خود را آرام کند، می‌تواند به خویشتن خود بازگردد و با خِرد خود به جهان مجردات و عقول کلیه صعود کند و زیبایی‌های آنجا را شهود کند و می تواند نورالانوار و زیبایی همه چیزهایی ها را که در مافوق عالم عقول و مجردات است بشناسد.»
همانطور که مشاهده می‌شود، اگر نمی‌دانستیم این مطلب در چه کتابی آمده و از چه کسی است، به راحتی می‌توانستیم آن را به عرفان اسلامی و شیعی نسبت بدهیم.
در صفحه ۲۲ کتاب نیز این طور آمده: «من بارها با خودم که روح باشد تنها ماندم و بدنم را رها کرده و کنار گذاشتم و گوهری شدم برکنار از ماده و بدن، در این حالت از غیر خودم بیرون بودم و تنها به خودم توجه داشتم. در همین حالت بود که علم، عالم و معلوم تماماً در من جمع بودند و در همین هنگام درخشندگی و زیبایی و روشنایی را در خودم می‌یافتم که با شگفتی و حیرت و گیجی در هم آمیخته بود. آنگاه دریافتم که من پاره ای از این جهان شریف بزرگ خداگونه‌ی جاندار و فعال هستم.»
باز هم مشاهده می‌شود که ویژگی آموزه‌ی خلع بدن که در عرفان اسلامی کاملا پذیرفته شده است، اینجا در نوشته‌های فلوطین هم به چشم می‌خورد.
در زندگی‌نامه‌ی علامه طباطبایی (ره) آمده است: ایشان در سال ۱۳۰۴ برای تحصیل به حوزه علمیه نجف تشریف بردند و بعداً برای تحصیل علوم عقلی خدمت مرحوم سید حسین بادکوبه‌ای رسیدند. از جمله علوم عقلی‌ای که ایشان نزد مرحوم بادکوبه‌ای تحصیل کردند (مثل اسفار و مشاعر ملاصدرا و شفای بوعلی و امثال اینها) یکی هم کتاب اثولوجیا است.
از اسکندریه به هند برگردیم. علامه طباطبایی (ره) روزگاری با کسانی مثل مرحوم شایگان و دکتر نصر و هانری کرُبَن مصاحبات و مذاکراتی داشتند که اکثر آنها چاپ شده و موجود است. ایشان در صحبت‌هایی که با پروفسور کربن داشتند جمله‌ی مشهوری دارند که می فرمایند: «رایحه‌ی توحید از اوپانیشادها که یکی از کهن‌ترین کتاب‌های دینی هندوها هست شنیده می‌شود.» ایشان در ترجمه‌ی تفسیر المیزان جلد دهم صفحه ۴۳۱ نیز به همین موضوع اشاره کرده‌اند:
«اگر کسی به اوپانیشاد مراجعه کند در بسیاری از فصول آن می‌بیند که تصریح شده به اینکه قیامتی هست و اینکه قیامت عالمی است جلیل که خلقت بدان منتهی می شود و می بیند در بیان ثواب اعمال و عقاب آنها بعد از مرگ عباراتی آورده که هرچند قابل انطباق با مسئله‌ی تناسخ است اما متعین در آن نیست بلکه با مسئله‌ی برزخ نیز قابلیت انطباق دارد. در بحث‌های ایراد شده در اوپانیشاد، آنچه هیچ دیده نمی‌شود خبر از اوثان و اصنام و عبادت کردن برای آنها و تقدیم قربانی به آنهاست. اینهایی که ما از کتاب و یا به عبارت دیگر از رسائل اوپانیشاد نقل کردیم، آنچه نقل نکردیم بیشتر از این هاست.»
اگر بخواهیم شواهدی را که عرض شد جمع‌بندی کنیم، باید بگوییم که در واقع عرفان به معنای اعم از حقیقت بحث می‌کند، حقیقتی که عارف و سالک به آن می‌رسند و این روش شهودی و باطن‌گرایانه در ادیان و مکاتب فکری مختلف از ابتدای تاریخ بشر وجود داشته است، لذا خیلی طبیعی است که یافته‌های مشابهی در میان همه‌ی این طوایف داشته باشیم. در اینجا سخن از تفکر و امثال آن نیست که متأثر از جامعه، زمان و تمدن باشد، بلکه سخن از یافتن حقایقی است که مستقل از زمان و مکان می‌باشند. بنابراین تشابهات میان میراث مکتوب عرفان اسلامی و میراث مکتوب سایر ادیان چیز عجیبی نیست و دلالت بر علیت آنها برای عرفان اسلامی نیز ندارد.
این تشابه فقط مهر حقانیتی است بر این مطلب که یافته‌های شهودی به لطف وجود پیامبران الهی (صلوات الله علیهم اجمعین) همیشه در تاریخ بشر بوده و هست. این موضوع به پلورالیسم هم منجر نمی‌شود، چرا که سطح این داده ها هرگز یکسان نیست .انشاالله بعداً با ورود تفصیلی به مباحث عرفان اسلامی خواهیم دید که خود این دریافت ها هم مراتبی دارند و نوع اتمّ آن را می‌توان در شریعت محمدی (صلوات الله علیه و آله) و عرفان عارفان مسلمان یافت.